Dimensiunea celulelor procariote este de obicei de 0,2-2,0 micrometri în diametru, în timp ce celula eucariotă este de 10-100 micrometri în diametru.
Eukarioții sunt chemați să aibă un "nucleu adevărat" deoarece conține nuclee legate de membrană și constă din alte organele cum ar fi lizozomii, complexul Golgi, reticulul endoplasmatic, mitocondriile și cloroplastele, în timp ce procariotele nu au membrane nucleare sau alte organe închise cu membrană.
În procariotes, flagelul este alcătuit din două blocuri de proteine; și peretele celular este complex din punct de vedere chimic și este produs din peptidoglican (un singur polimer mare de aminoacizi și zahăr), Â în timp ce flagelul eucariotelor este mai complex cu multiple microtubuli și atunci când pereții celulari sunt prezenți, sunt simpli din punct de vedere chimic.
În procariotes, divizarea celulară are loc prin fisiune binară și nu are loc meioză, dar numai transferul de fragmente de ADN are loc prin conjugare. Divizarea celulară în eucariote are loc prin mitoză, iar reproducerea sexuală are loc prin meioză.
În eucariote, membrana plasmatică este formată din steroli și carbohidrați. Citoplasma constă în citoschele și este prezentă streaming citoplasmatic. Ribosomii sunt mai mari (80S) și mai mici (70S) în dimensiune, iar cromozomii sunt aranjați liniar și multiplu cu histone. ADN-ul eucariotelor este mult mai complex decât ADN-ul procariotilor.
În prokariote, membrana plasmatică nu conține carbohidrați sau steroli. Citoplasma nu are fluxuri citosketetonice sau citoplasmatice. Ribosomii sunt mai mici (70S) în mărime și sunt prezenți cu un singur cromozom circular care nu constă din histone.