Diferența dintre transposalele bacteriene și integrările retrovirale
Share
Diferența cheie - bacteriană Transposazele vs retrovirali se integrează
Materialul genetic transportabil a evoluat cu două strategii majore pentru a trece de la o regiune la următoarea regiune din cadrul și între genomuri. O metodă este de a înlocui printr-o moleculă de ARN înainte de formarea unei molecule de ADN, în timp ce cealaltă cale implică intermediari ADN. Transposazele și integrazele virale sunt exemple de astfel de material genetic transpozabil. Transpazazele bacteriene se leagă de sfârșitul transpozonilor și facilitează catalizarea mișcării transpozonului către o altă parte a genomului prin diferite mecanisme. Retrobiral integrazele sunt enzime care ajută la integrarea materialului genetic al retrovirusului, cum ar fi HIV, în materialul genetic (ADN) al celulei gazdă pe care îl infectează. Acesta este diferența cheie între transpozaze bacteriene și integraze retrovirale.
CUPRINS
1. Prezentare generală și diferență cheie
2. Ce sunt transposalele bacteriene
3. Ce sunt integrările retrovirale
4. Asemănări între transposalele bacteriene și integrațiile retrovirale
5. Comparație între ele - transfuzii bacteriene vs integrate retrovirale în formă tabulară
6. rezumat
Ce sunt transposalele bacteriene?
Transposaza poate fi definită ca o enzimă legată la sfârșitul transpozonilor care facilitează cataliza mișcării transpozonului la o altă parte a genomului prin diferite mecanisme. Astfel de mecanisme includ mecanismul de tăiere și lipire și mecanismul de transpunere a transpunerii. Transpozarea a fost introdusă pentru prima dată prin donarea enzimei care este necesară pentru transpunerea transpozonului Tn3. Două strategii importante au fost utilizate de elementele genetice transpozabile pentru deplasarea dintre genomi sau de la un sit la altul. Transportul printr-un intermediar al ARN înainte de sinteza unei copii de ADN este o strategie, în timp ce cealaltă este legată doar de intermediarii ADN. Reacțiile de recombinare care sunt implicate în integrarea ambelor elemente au loc datorită enzimelor specifice elementului. Astfel, într-un exemplu de elemente ADN, aceste enzime sunt cunoscute sub numele de transpozaze, în timp ce într-un exemplu de elemente ARN, ele sunt cunoscute ca integraze.
Atunci când se compară diferențele dintre ambele strategii de transpunere, procesul de inserție pare să fie identic chimic. Dar, dovezile recente propun ca anumite similarități în mecanismul de integrare să fie văzute în regiunile secvențelor de aminoacizi care formează un situs activ; motivul DDE. În prezent sunt clasificate cinci familii de transpozaze, dar numărul de familii este încă în creștere cu noile caractere de transpoză. Familiile includ transposază DDE, transposază de tip Tyrosine (Y), serotransferază (S), transposază cu cerc de rulare, transcriptază / endonuclează inversă (RT / En) etc. Aceste familii utilizează mecanisme catalitice unice pentru ruperea și reintroducerea ADN-ului. Transposazia DDE implică în mecanismul tăiat și pastrat al transpozonului original și poartă trei seturi de aminoacizi conservați și anume; aspartat (D), aspartat (D) și glutamat (E). Transposazele de tirozină implică, de asemenea, în mecanismul tăiat și pastă prin utilizarea reziduului de tirozină, care este specifică locului.
Figura 01: Transposaze bacteriene
Transpazazele serice implică un intermediar al ADN-ului circular și efectuează mecanismul tăiat și pastrat la fel ca familiile de mai sus. Transposazia cercului de rulare implică mecanismul de copiere în care o singură catenă este copiată direct în situsul țintă prin replicarea ADN. Acest lucru asigură că lanțul șablonului și firul copiat au o fâșie care este sintetizată recent. Transplasazele revers transcripte / endonucleazele au diferite mecanisme de transpunere.
Ce sunt integrările retrovirale?
În contextul Retroviral Integrase, este considerată o enzimă retrovirusă care ajută la integrarea materialului genetic al retrovirusului, cum ar fi HIV, în materialul genetic (ADN) al celulei care este infectată. Aceste integraze retrovirale se confundă cel mai adesea cu integrazele fagilor. Exemple pentru integrazele de fagi sunt integraza de fagi. Dar acestea sunt enzime complet diferite și nu ar trebui să se confunde cu. În ceea ce privește formarea complexului de pre-integrare retrovirus, integraza retrovirus joacă un rol major. Proteinele integrase retrovirale constau de obicei din trei domenii canonice (03). Aceste domenii sunt conectate prin link-uri flexibile.
Cele trei domenii includ un domeniu de legare a zincului N terminal, unde trei legături elicoidale sunt conectate și stabilizate prin coordonare cu implicarea unui Zn2+ cation, un domeniu al miezului catalitic pliabil al RNazei H și un domeniu de legare a ADN terminal C, care este un SH3 ori. Prin investigare și prin informații biochimice și structurale, sugerează că integraza retrovirusă are capacitatea de a funcționa ca dimer de dimeri (tetramer). În contextul multimerizării și legării ADN-ului viral, toate cele trei domenii ale proteinei integrazice retrovirale. Funcția majoră a integrazei retrovirale este de a introduce materialul genetic pentru a găzdui ADN-ul. Acest pas este cel mai important pas în replicarea virale a virusului HIV. Odată integrată cu succes, va fi acolo în ADN-ul cromozomial al celulei pentru restul vieții.
Figura 02: Integrarea retroviralelor
Prin urmare, o dată integrată nu există nici o întoarcere pentru celulă. Aceste integraze retrovirale implică în catalizarea celor două reacții majore, incluzând prelucrarea finală 3 'și legarea covalentă. Pe parcursul prelucrării la capătul 3 ', 2-3 nucleotide din ambele capete 3' ale ADN-ului viral sunt îndepărtate cu intenția de a dezvălui dinucleotidele CA ale capetelor 3 'ale ADN-ului viral și în timpul ligării covalente, ADN viral sunt ligate covalent în ADN-ul cromozomului gazdă.
Care este asemănarea dintre transposalele bacteriene și integrările retrovirale?
- Atât transposazele bacteriene cât și integrările retrovirale au secvențe de aminoacizi similare.
Care este diferența dintre transposalele bacteriene și integrările retrovirale?
Transpazazele bacteriene vs. integratele retrovirale | |
| Transpazaza bacteriană este o enzimă legată la capătul transposonilor, facilitând în același timp cataliza mișcării transpozonului către o altă parte a genomului prin diferite mecanisme. | Retroviral integrazele este considerată o enzimă retrovirusă care ajută la integrarea materialului genetic al retrovirusului, cum ar fi HIV, în materialul genetic (ADN) al celulei care este infectată. |
| Regiuni obligatorii | |
| Sunt necesare regiuni de legare specifice specifice pentru Transposazele bacteriene. | Mai puțin sau deloc secvența nucleotidică necesară pentru legare. |
Rezumat - Bacterial Transposazele vs retrovirali se integrează
Transpazazele bacteriene sunt considerate ca o enzimă retrovirusă care ajută la integrarea materialului genetic al retrovirusului, cum ar fi HIV, în materialul genetic (ADN) al celulei care este infectată. Două strategii importante au fost utilizate de elementele genetice transpozabile pentru deplasarea dintre genomi sau de la un sit la altul. În prezent sunt clasificate cinci familii de transpozaze, dar numărul de familii este încă în creștere cu noile caractere de transpoză. Retroviral Integrase, este considerată o enzimă retrovirusă care ajută la integrarea materialului genetic al retrovirusului, cum ar fi HIV, în materialul genetic (ADN) al celulei care este infectată. Proteinele integrase retrovirale constau de obicei din trei domenii canonice (03). Funcția majoră a integrazei retrovirale este de a introduce materialul genetic pentru a găzdui ADN-ul. Acest pas este cel mai important pas în replicarea virale a virusului HIV. Prin urmare, o dată integrată nu există nici o întoarcere pentru celulă. Aceasta este diferența dintre transposalele bacteriene și integralele retrovirale.
Descărcați fișierul PDF al transposazelor bacteriene vs integrările retrovirale
Puteți descărca versiunea PDF a acestui articol și îl puteți utiliza în scopuri offline conform notei de citare. Descărcați versiunea PDF aici: Diferența dintre transposalele bacteriene și integrările retrovirale
Referinţă:
1.Vigil-Stenman, Theoden și colab. "Abundența înaltă și expresia transpozelor în bacteriile din Marea Baltică". ISME Journal, vol. 11, nr. 11, 2017, pp. 2611-2623., Doi: 10.1038 / ismej.2017.114.
2.Polard, P, și M Chandler. "Transposaze bacteriene și integrări retrovirale". Microbiologia moleculară, Biblioteca Națională de Medicină din S.U.A., 1995. Disponibil aici
3.Andrake, Mark D. și Anna Marie Skalka. "Retroviral Integrase: Then and Now". Revizuirea anuală a virologiei, vol. 2, nr. 1, septembrie 2015, pp. 241-264., Doi: 10.1146 / anurev-virology-100114-055043.
Datorită fotografiei:
1. "Mutu și lipiți mecanismul de transpunere" de Alana Gyemi, (CC BY-SA 4.0) prin intermediul Commons Wikimedia
2.PDB 1wjd EBI'By Jawahar Swaminathan și personalul MSD la Institutul European de Bioinformatică (Domeniul Public) prin intermediul Commons Wikimedia
