Diferența dintre RAPD și RFLP

Diferența cheie - RAPD vs RFLP
 

Indicatorii genetici sunt utilizați în biologia moleculară pentru a identifica variațiile genetice între indivizi și specii. ADN polimorfic amplificat randomizat (RAPD) și Restricție Lungimea Fragmentului Polimorfism (RFLP) sunt doi markeri moleculari importanți utilizați în mod curent în laboratoare. RAPD se efectuează cu primeri oligonucleotidici scurți și arbitrari și se bazează pe amplificarea aleatorie a locațiilor multiple în ADN-ul șablon al organismului. RFLP se efectuează cu o endonuclează de restricție specifică și se bazează pe polimorfismul fragmentelor de restricție obținute și al hibridizării. Diferența cheie între RAPL și RFLP este aceea RAPD este un tip de tehnică PCR efectuată fără cunoștințele de secvență anterioară întrucât RFLP nu este implicat în PCR și necesită cunoștințe de secvență anterioară pentru realizarea tehnicii.

CUPRINS
1. Prezentare generală și diferență cheie
2. Ce este RAPD
3. Ce este RFLP
4. Comparație între ele - RAPD vs. RFLP
5. rezumat

Ce este RAPD?

RAPD este un marker molecular util în biologia moleculară. Este o tehnică rapidă și ușoară. RAPD poate fi definită ca o metodă care are ca rezultat secvențele ADN polimorfe ca rezultat al amplificării aleatorii a locațiilor multiple ale șablonului ADN țintă. RAPD utilizează primeri oligonucleotidici scurți cu secvențe arbitrare pentru amplificarea PCR. Grundurile sunt sintetizate artificial fără cunoștințele de secvență anterioară. Prin urmare, este considerată o tehnică ușoară și utilă.

Următoarele pași majori sunt implicați în RAPD.

1. Extracția ADN-ului țintă
2. Amplificarea locațiilor multiple ale ADN-ului țintă utilizând primeri aleși aleatoriu
3. Gel electrophoresis a produselor PCR amplificate
4. Colorarea cu bromură de etidiu și identificarea polimorfismului

Ca urmare a variației în recoacerea primerului, în timpul amplificării sunt generate diferite fragmente cu lungimi diferite. Prin urmare, modelele de bandajare pe geluri diferă între indivizi și specii. Astfel, RAPD permite detectarea variațiilor genetice între organisme în identificare și diferențiere.

RAPD se aplică în diferite studii de biologie moleculară, cum ar fi identificarea diferenței genetice dintre speciile strâns legate, cartografiere genetică, amprentarea ADN-ului, identificarea bolilor moștenite etc..

Figura 01: RAPD

Ce este RFLP?

Lungimea fragmentelor de restricție Polimorfisme (RFLP) este un marker molecular utilizat în biologia moleculară pentru identificarea variației genetice în secvențele ADN omoloage. Acesta este primul marker genetic dezvoltat pentru amprentarea ADN-ului. Toate organismele produc profiluri ADN unice când sunt restricționate cu enzime de restricție specifice. RFLP servește ca instrument important în producerea profilurilor unice de ADN ale indivizilor și detectarea variațiilor genetice printre acestea. Atunci când probele de ADN sunt digerate cu endonucleaze de restricție specifice, acestea produc profiluri diferite de ADN care sunt unice pentru fiecare individ. Prin urmare, principiul acestei metode este detectarea variațiilor genetice între organisme prin restrângerea ADN-ului omologic cu enzime de restricție specifice și analizarea polimorfismului lungimii fragmentului prin electroforeză pe gel și blotting. Modelele de blot sunt unice pentru fiecare organism și caracterizează genotipurile specifice.

Următoarele etape sunt implicate în RFLP.

1. Izolarea cantității suficiente de ADN din probe
2. Fragmentarea probelor de ADN cu endonucleaze de restricție specifice în secvență scurtă
3. Separarea fragmentelor rezultate cu lungimi diferite prin electroforeză pe gel de agaroză.
4. Transferul profilului de gel într-o membrană prin Southern blotting
5. Hibridizarea membranei cu sonde marcate și analiza polimorfismului lungimii fragmentului în fiecare profil

RFLP are diverse aplicații, cum ar fi diagnosticarea bolilor de moștenire, cartografierea genomului, identificarea penală în studii medico-legale, testarea paternității etc..

Figura 02: Genotiparea RFLP

Care este diferența dintre RAPD și RFLP?

RAPD vs RFLP
RAPD este un marker molecular bazat pe primeri aleatorii și PCR.	RFLP este un marker molecular bazat pe producerea de fragmente de restricție de lungime diferită.
Solicitare necesară
Probele ADN mici sunt suficiente pentru analiza RAPD.	O cantitate mare de probă de ADN extrasă este necesară pentru analiza RFLP.
Timp
RAPD este un proces rapid.	RFLP este un proces consumator de timp.
Primer Utilizare
Sunt folosiți primeri randomici și aceiași primeri pot fi utilizați pentru diferite specii.	Sondele specifice speciilor sunt utilizate în RFLP pentru hibridizare.
Fiabilitate
Fiabilitatea tehnicii este mai mică comparativ cu RFLP.	RFLP este o tehnică sigură.
sugativă
RAPD implică blotarea sudică.	Blocarea Southern este o etapă a RFLP.
Detectarea variantelor alelelor
Variațiile variabilele nu pot fi detectate de RAPD.	Variațiile variabile pot fi detectate prin RFLP.
Nevoie de cunoștințe de secvență
RAPD nu necesită cunoștințe secvențiale anterioare.	Cunoașterea secvenței anterioare este necesară pentru proiectarea sondei.
PCR
PCR este implicat în RAPD	PCR nu este implicat în RFLP.
reproductibilitatea
RAPD are o reproductibilitate scăzută	RFLP are o reproductibilitate ridicată comparativ cu RAPD.

Rezumat - RAPD vs RFLP

RAPD și RFLP sunt markeri importanți utilizați în biologia moleculară. Ambele metode sunt capabile să detecteze variații genetice între organisme. RAPD se efectuează folosind primeri aleatorii. RFLP se realizează utilizând enzime de restricție specifice. Ambele metode produc profile ADN unice pentru organismele individuale. RAPD este implicat în comparație cu câțiva pași decât RFLP. Dar produce rezultate mai puțin fiabile și reproductibile decât RFLP. Aceasta este diferența principală dintre RAPD și RFLP.

Referințe:
1. Dos, J. B., J. Nienhuis, P. Skroch, J. Tivang și M. K. Slocum. "Compararea markerilor genetici RAPD și RFLP în determinarea similitudinii genetice între genotipurile Brassica oleracea L." TAG. Genetică teoretică și aplicată. Teoretische und angewandte Genetik. Biblioteca Națională de Medicină din S.U.A., Mar. 1994. Web. 12 aprilie 2017
2. Powell, Wayne, Michele Morgante, Chaz Andre, Michael Hanafey, Julie Vogel, Scott Tingey și Antoni Rafalski. "Comparația RFLP, RAPD, AFLP

Datorită fotografiei:
1. "Genotiparea RFLP" Prin (necunoscut) - Institutele Naționale de Sănătate (Domeniul Public) prin Commons Wikimedia