Diferența dintre RT PCR și QPCR

Diferența cheie - RT PCR vs QPCR
 

Reacția lanțului de polimerază este o tehnică utilizată pentru a amplifica o regiune specifică a ADN-ului in vitro. Datorită invenției acestei tehnici de către Kary Mullis în 1983, oamenii de știință au posibilitatea de a face mii până la milioane de exemplare de fragmente specifice de ADN în scopuri de cercetare. În prezent, aceasta a devenit o tehnică obișnuită și obișnuită efectuată în laboratoarele clinice și de cercetare pentru o gamă largă de aplicații. Există variații ale tehnicii PCR tradiționale, cum ar fi RT PCR, PCR nested, PCR multiplex, Q PCR, RT - QPCR, etc. RT PCR și Q PCR sunt două variații importante ale PCR. Diferența cheie dintre RT PCR și Q PCR este aceea RT PCR este folosit pentru a detecta exprimarea genelor prin crearea deADN complementar (cADN) de la ARN in timp ce Q PCR este utilizat pentru măsurarea cantitativă a produselor PCR în timp real folosind coloranți fluorescenți.

CUPRINS
1. Prezentare generală și diferență cheie
2. Ce este RT PCR
3. Ce este QPCR
4. Comparație de la o parte la alta - RT PCR vs QPCR
5. rezumat

Ce este RT PCR?

Reacția în lanț de polimerizare cu reacție inversă (RT PCR) este o variantă a PCR care este utilizată pentru a detecta exprimarea ARN. Este o metodă foarte importantă pentru detectarea expresiei mRNA în țesuturi. Se utilizează RT PCR atunci când materia primă a probei este ARN. În RT PCR, mARN-ul șablonului este mai întâi transformat în ADN complementar. Această etapă este catalizată de enzima transcriptază reversă și procesul este cunoscut ca transcripția inversă. În al doilea rând, se utilizează PCR tradițional pentru ADNc nou sintetizat pentru amplificare.

RT PCR este o tehnică extrem de sensibilă care necesită o cantitate relativ mică de proba de ARN. RT PCR este utilizat în mod obișnuit în diagnosticul și cuantificarea speciilor de ARN, în special a virusurilor ARN cum ar fi virusul imunodeficienței umane și virusul hepatitei C.

Figura 01: Tehnica RT PCR

Ce este QPCR?

PCR cantitativ (QPCR) este o variantă a PCR care este utilizată pentru măsurarea cantitativă a produselor PCR. Este, de asemenea, cunoscut ca reacție în lanț în timp real a polimerazei, deoarece măsoară amplificarea timpului real folosind mașină PCR în timp real. Este o metodă adecvată pentru determinarea cantității unei secvențe țintă sau a unei gene prezente într-o probă. Trăsătura interesantă a QPCR este aceea că combină amplificarea și cuantificarea adevărată într-un singur pas. Prin urmare, nevoia de electroforeză în gel în detectare poate fi eliminată prin tehnica QPCR. QPCR utilizează coloranți fluorescenți pentru a marca produsele PCR în timpul reacțiilor PCR, ceea ce duce în cele din urmă la o cuantificare directă. Atunci când se acumulează produsele PCR, semnalele fluorescente sunt de asemenea acumulate și vor fi măsurate prin intermediul mașinii în timp real. QPCR poate fi combinat cu RT PCR. Este cunoscut ca RT - QPCR sau QRT - PCR și este considerată ca fiind metoda cea mai puternică, sensibilă și cantitativă pentru detectarea nivelurilor de ARN în celule sau țesuturi.

SYBR Green și Taqman sunt două metode utilizate pentru detectarea sau monitorizarea procesului de amplificare a PCR în timp real. Metoda SYBR Green se efectuează folosind un colorant fluorescent denumit SYBR verde și detectează amplificarea prin legarea colorantului pentru a produce ADN dublu catenar. Taqman se efectuează utilizând sonde dublu marcate și detectează amplificarea prin degradarea sondei prin polimerază Taq și eliberări ale fluoroforului așa cum se arată în figura 02. Ambele metode monitorizează progresul procesului de amplificare și raportează cantitatea produsului în timp real.

PCR în timp real are o mare varietate de aplicații, cum ar fi cuantificarea expresiei genelor, analiza ARN-ului non-codificator, genotiparea SNP, detectarea numerelor de exemplare, detectarea mutațiilor rare, detectarea organismelor modificate genetic, detectarea agenților infecțioși etc..

Figura 02: Tehnica cantitativă PCR

Care este diferența dintre RT PCR și QPCR?

RT PCR vs QPCR
RT PCR este o tehnică utilizată pentru a detecta exprimarea genei prin amplificare.	QPCR este o tehnică care amplifică ADN și cuantifică produsele PCR în timp real.
Implicarea enzimei revers transcriptazei
Transcriptaza inversă enzimatică este utilizată pentru RT PCR.	Transcriptaza inversă enzimatică nu este utilizată pentru QPCR.
Utilizarea moleculelor marcate cu fluorescență
Nu se utilizează coloranți sau sonde marcate fluorescente pentru RT PCR.	Pentru QPCR se utilizează coloranți sau sonde marcate fluorescente.
Cuantificarea produsului PCR
Dacă nu este cuplată cu QPCR, RT PCR nu cuantifică produsul PCR.	QPCR măsoară cantitativ produsul PCR.
Materie prima
Materia primă este mRNA.	Materia primă este ADN.
Sinteza cADN
ADN complementar este produs în timpul PCR RT.	ADN complementar nu este produs în timpul QPCR.

Rezumat - RT PCR vs QPCR

RT PCR și QPCR sunt două versiuni ale PCR tradiționale. Tehnica RT PCR este efectuată pentru probe de mRNA și este condusă prin transcriere inversă și producerea ADNc. QPCR este utilizat pentru a cuantifica produsele PCR în timpul ciclurilor termice PCR în timp real utilizând coloranți fluorescenți sau sonde etichetate. În QPCR, cantitatea de produs PCR este reprezentată de semnalele fluorescente emise de eșantion. RT PCR este utilizat în mod obișnuit ca un proces de amplificare, în timp ce QPCR este utilizat în mod obișnuit ca proces de cuantificare. Aceasta este diferența dintre RT PCR și QPCR.

Referințe:
1. Deepak, SA, KR Kottapalli, R. Rakwal, G. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, Y. Masuo și GK Agrawal. "PCR în timp real: analiza revoluționară a detectării și expresiei genelor". Bentham Science Publishers Ltd., iunie 2007. Web. 03 aprilie 2017
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els De Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh și Jo Vandesompele. "Analiza expresiei genetice bazate pe RT-qPCR directă și sensibilă a probelor de FFPE". Nature Publishing Group, 22 februarie 2016. Web. 03 aprilie 2017
3. Overbergh, L., A. Giulietti, D. Valckx, B. Decallonne, R. Bouillon și C. Mathieu. "Utilizarea PCR în timp real de transcriptază pentru cuantificarea expresiei genei citokinice" Journal of Techniques Biomolecular: JBT. Asociația Resurselor Biomoleculare, Mar. 2003. Web. 03 aprilie 2017

Datorită fotografiei:
1. "Taqman" Utilizator: Braindamaged - Lucrări proprii de către încărcătorul original (Domeniul Public) prin Commons Wikimedia
2. "Reacția în lanț a polimerazei inverse de transcriere" Prin Jpark623 - Lucrare proprie (CC BY-SA 3.0) prin intermediul Commons Wikimedia