Diferența dintre BLAST și FASTA

Diferența principală - BLAST vs FASTA

BLAST și FASTA sunt două programe de căutare similară care identifică secvențe ADN omoloage și proteine bazate pe similitudinea secvenței excesive. Excesul de similitudine dintre două secvențe de ADN sau aminoacid apare datorită homologiei comune a ancestrilor. Cea mai eficientă căutare a similitudinii este compararea secvenței de aminoacizi a proteinelor mai degrabă decât a secvențelor ADN. Atât BLAST, cât și FASTA folosesc o strategie de notare pentru a compara două secvențe și a furniza estimări statistice foarte precise despre asemănările dintre secvențe. principala diferență între BLAST și FASTA este asta BLAST este implicat în cea mai mare parte în găsirea de aliniere secvență optimă locală întrucât FASTA este implicată în găsirea de asemănări între secvențe mai puțin similare.

Domenii cheie acoperite

1. Ce este BLAST
     - Definiție, programe, utilizări
2. Ce este FASTA
     - Definiție, programe, utilizări
3. Care sunt asemănările dintre BLAST și FASTA
     - Aspecte comune
4. Care este diferența dintre BLAST și FASTA
     - Compararea diferențelor cheie

Termeni cheie: BLAST, FASTA, ADN, nucleotidă, proteină, aminoacid, omologie, similitudine, valoare de așteptare

Ce este BLAST

BLAST înseamnă Instrumentul de căutare locală pentru alinierea locală. Aceasta caută similitudinea între o secvență de interogare și secvențele depuse în site-ul Centrului Național pentru Biotehnologii (NCBI). Genele presupuse în secvența de interogare pot fi detectate pe baza omologiei secvenței a secvențelor depuse. BLAST este popular ca instrument de bioinformatică datorită capacității sale de a identifica rapid regiunile de asemănare locală între două secvențe. BLAST calculează o valoare de așteptare, care estimează numărul de potriviri dintre două secvențe. Utilizează alinierea locală a secvențelor. Interfața web NCBI BLAST poate fi găsită aici.

Figura 1: Interfața Web NCBI BLAST

Diferite căutări BLAST

Programul BLAST	Interogare și bază de date
BLASTN (BLAST nucleotid)	Interogare - nucleotidă, bază de date - nucleotidă
BLASTP (proteina BLAST)	Interogare - Proteină, Bază de date - Proteină
BLASTX	Interogare - nucleotidul translatat, baza de date - proteină
TBLASTN	Interogare - proteine, baze de date - nucleotide traduse
TBLASTX	Interogare - nucleotidă translatată, bază de date - nucleotidă translatată

Ce este FASTA

FASTA este o altă unealtă de aliniere a secvențelor care este utilizată pentru a căuta asemănări între secvențele ADN și proteine. Secvența de interogare este împărțită în șabloane de secvență sau cuvinte cunoscute sub numele de k-tuple și secvențele țintă sunt căutate pentru aceste k-tuple pentru a găsi asemănările dintre cele două. FASTA este un instrument bun pentru căutări similare. Când găsiți similitudini de secvențe, cel mai bun mod de a efectua căutarea este să efectuați mai întâi o căutare BLAST și apoi să mergeți la FASTA. Formatul de fișier FASTA este utilizat pe scară largă ca metodă de introducere în alte instrumente de aliniere a secvențelor, cum ar fi BLAST. Interfața web pentru FASTA, care este disponibilă la Institutul European de Bioinformatică (EBI), poate fi găsită aici.

Figura 2: Interfața Web FASTA

Programele FASTA

Programul FASTA	Descriere
FASTA	Compararea secvenței de proteine - proteine sau compararea secvenței de nucleotide - nucleotide
FASTX, FASTY	Compararea secvenței de nucleotide - proteină.
SSEARCH	Alinierea locală între secvența de proteină proteină sau nucleotidă - nucleotidă
GGSEARCH	Alinierea globală între secvența de nucleotide proteină - proteină sau nucleotidă
GLSEARCH	Alinierea globală a interogării și alinierea locală a secvențelor în baza de date.

Asemănări între BLAST și FASTA

BLAST și FASTA sunt două programe de comparare a secvențelor care oferă facilități pentru compararea secvențelor de ADN și proteine cu bazele de date ADN și proteine existente.

Atât BLAST cât și FASTA sunt unelte de bioinformatică rapide și foarte precise.

Ambele utilizează alinierea secvențelor pe perechi.

Diferența dintre BLAST și FASTA

Definiție

EXPLOZIE: BLAST este un algoritm pentru compararea informațiilor secvențiale biologice secvențiale, cum ar fi nucleotidele sau secvențele de aminoacizi.

FASTA: FASTA este un pachet software de aliniere a ADN-ului și a secvenței de proteine.

Stăpâne pentru

EXPLOZIE: BLAST reprezintă instrumentul de căutare locală pentru aliniere locală.

FASTA: FASTA este scurt de "fast-all" sau "FastA".

Alinierea globală / locală

EXPLOZIE: BLAST utilizează alinierea secvenței locale.

FASTA: FASTA utilizează mai întâi alinierea secvențelor locale și apoi extinde căutarea de similaritate la alinierea globală.

Alinierea secvenței locale

EXPLOZIE: BLAST caută asemănări în alinierea locală prin compararea resturilor individuale în cele două secvențe.

FASTA: FASTA caută asemănări în alinierea locală prin compararea șabloanelor sau cuvintelor secvențiale.

Tip de căutare

EXPLOZIE: BLAST este mai bine pentru a căuta similitudinea în secvențe apropiate sau optim locale.

FASTA: FASTA este mai bine pentru căutarea în similitudini în secvențe mai puțin similare.

Tipul de activitate

EXPLOZIE: BLAST funcționează cel mai bine pentru căutările de proteine.

FASTA: FASTA funcționează cel mai bine pentru căutările de nucleotide.

Lacune din secvența de interogări

EXPLOZIE: În BLAST, nu sunt permise decalaje între secvențele de interogare și țintă.

FASTA: În FASTA, sunt permise lacune.

Sensibilitate

EXPLOZIE: BLAST este un instrument sensibil bioinformatic.

FASTA: FASTA este mai sensibilă decât BLAST.

Viteză

EXPLOZIE: BLAST este mai rapid decât FASTA.

FASTA: FASTA este o taxă mai puțin rapidă în comparație cu BLAST.

Dezvoltatori

EXPLOZIE: BLAST a fost proiectat de Stephen Altschul, Webb Miller, Warren Gish, Eugene Myers și David J. Lipman la Institutul Național de Sănătate în 1990.

FASTA: FASTA a fost elaborat de David J. Lipman și William R. Pearson în 1985.

Semnificaţie

EXPLOZIE: În prezent, BLAST este cel mai utilizat instrument de bioinformatică pentru căutările similare.

FASTA: Moștenirea FASTA este formatul FASTA, care este acum omniprezent în bioinformatică.

Concluzie

BLAST și FASTA sunt două instrumente de aliniere a seriilor utilizate în bioinformatică pentru căutarea unor asemănări între secvențele de ADN sau proteine. BLAST este instrumentul cel mai utilizat pentru alinierea locală a secvențelor de nucleotide și aminoacizi. FASTA este un instrument de căutare de similitudine fină care folosește modele sau cuvinte de secvență. Este cel mai potrivit pentru căutările de similitudini între secvențe mai puțin similare. Principala diferență dintre BLAST și FASTA este strategiile de căutare a similitudinii folosite în fiecare instrument.

Referinţă:

1. Madden, Thomas. "Instrumentul de analiză a secvențelor BLAST". Manualul NCBI [Internet]. Ediția a 2-a. Biblioteca Națională de Medicină, 15 martie 2013. Web.Available aici. 09 iunie 2017.
2. "Alinierea secvențelor pereche folosind FASTA". Universitatea Amrita Vishwa Vidyapeetham. N.p., n.d. Web. Disponibil aici. 09 iunie 2017.

Datorită fotografiei:

Site-ul oficial BLAST
Site-ul oficial FASTA

Ştiinţă