Diferența între hibridizarea coloniilor și a plăcilor

principala diferență între hibridizarea coloniei și plăcii este faptul că hibridizarea coloniei este metoda utilizată în selecția coloniilor bacteriene cu gene dorite, în timp ce hibridizarea plăcii este metoda de selecție a fagilor cu gene dorite. Mai mult, hibridizarea coloniei poate fi utilizată în screening-ul de biblioteci bazate pe plasmidă sau cosmidă, în timp ce hibridizarea plăcii poate fi utilizată în screening-ul bibliotecilor de fagi.

Colonia și hibridizarea plăcilor sunt două tehnici utilizate pentru screening-ul bibliotecilor genomice sau cADN. Ele sunt, de asemenea, numite colonie de ridicare și placă lift respectiv.

Domenii cheie acoperite

1. Ce este hibridizarea coloniilor
     - Definiție, tip de biblioteci, metode de screening
2. Ce este hibridizarea plăcii
     - Definiție, tip de biblioteci, metode de screening
3. Care sunt asemănările dintre colonia și hibridizarea plăcilor
     - Schița caracteristicilor comune
4. Care este diferența dintre colonie și hibridizarea placilor
     - Compararea diferențelor cheie

Termeni cheie

Colonia, hibridizarea coloniilor, screening-ul bibliotecii, placa, hibridizarea plăcilor

Ce este hibridizarea coloniilor

Hibridizarea hibrizării este o metodă de screening utilizată în selecția coloniilor bacteriene cu o secvență de ADN dorită. Este, de asemenea, numit colonizarea hibridării coloniale, ridicarea coloniilor sau replica placare. Aceasta permite screening-ul coloniilor placate cu densitate mare. Procedura inițială de hibridizare a coloniilor a fost dezvoltată pentru prima dată de Grunstein și Hogness. În primul rând, coloniile bacteriene pot fi transformate pe o membrană și coloniile bacteriene sunt lizate, expunând acizii nucleici. Apoi, acizii nucleici expuși sunt fixați pe membrană prin denaturarea lor și sunt hibridizați cu sondele radioactive.

Figura 1: Metoda de hibridizare a coloniilor

O colonie este un grup de bacterii dezvoltate dintr-o singură celulă bacteriană prin reproducerea asexuală. Prin urmare, toate celulele bacteriene dintr-o colonie particulară posedă aceeași machiație genetică, precum și materialul genetic modificat. În general, bacteriile sunt transformate cu ajutorul vectorilor plasmidici sau cosmidi.

Ce este hibridizarea plăcii

Hibridizarea plăcilor este metoda de screening pentru fagii recombinanți. Este o modificare a hibridării coloniilor de către Benton și Devis în 1977. Metoda este, de asemenea, numită placă lift. Procedeul de hibridizare a placilor este similar cu procedura de hibridizare a coloniilor și plăcile sunt ridicate prin contactarea acestora cu o membrană de nitroceluloză. Acizii nucleici sunt apoi expuși și fixați pe membrană, hibridizând cu probele dorite.

Figura 2: Placi pe o placă de agar

O placă este o zonă limpede pe o placă de agar produsă de un anumit bacteriofag prin liza celulelor bacteriene din zona respectivă. Datorită cantității reduse de ADN transferat pe membrana nitrocelulozei, hibridizarea plăcii produce mai puține semnale de fond.

Asemănări între hibridizarea coloniei și plăcii

• Colonia și hibridizarea plăcilor sunt două tehnici utilizate pentru screening-ul bibliotecilor genomice sau cADN.
• Principiul principal în ambele tehnici este hibridizarea acidului nucleic.
• Ambele sunt metodele de hibridizare a filtrelor, care permit screening-ul primar al bibliotecilor prin replicare in situ pe o membrană de nitroceluloză.
• Ele permit screening-ul cu densitate mare.
• O moleculă de ADN monocatenar este utilizată ca o probă care poate hibridiza la secvența sa complementară pentru a identifica secvențele specifice.
• Ambele tehnici de hibridizare sunt rapide și se pot ocupa de un număr foarte mare de clone.
• Acestea sunt folosite pentru identificarea secvențelor genetice incomplete, care nu pot fi exprimate.

Diferența între hibridizarea coloniilor și a plăcilor

Definiție

Hibridizarea coloniei se referă la o metodă de selectare a coloniilor bacteriene cu gene dorite, în timp ce hibridizarea plăcii se referă la o metodă de screening utilizată pentru identificarea fagilor recombinanți.

Dezvoltat de

Hibridizarea coloniei a fost inițial dezvoltată de Grunstein și Hogness, în timp ce hibridizarea placilor a fost dezvoltată pentru prima dată de Benton și Devis în 1977.

Tipuri de biblioteci

Hibridizarea hibridării implică identificarea bibliotecilor bazate pe plasmidă sau cosmidă, în timp ce hibridizarea plăcii implică identificarea bibliotecilor de fagi.

Numărul de ascensoare

Coloniile pot fi ridicate pentru o singură dată, în timp ce plăcile pot fi ridicate de mai multe ori.

Semnale de fundal

Mai multe semnale de fond apar în hibridizarea coloniei, în timp ce semnalele de fundal sunt mai puțin în hibridizarea placilor.

Concluzie

Hibridizarea coloniilor este o metodă de screening a coloniilor bacteriene în bibliotecile produse cu vectori plasmidici sau cosmidi. Pe de altă parte, hibridizarea plăcii este o metodă de screening a bacteriofagilor în bibliotecile de fagi. Principala diferență între hibridizarea coloniei și a placilor este tipul de biblioteci analizate în fiecare metodă.

Referinţă:

1. Kaksonen, Anna. "Abordări moleculare pentru analiza comunității microbiene". Leaching - BioMineWiki, 20 aprilie 2006, disponibil aici
2. Dale, J W și P J Greenaway. "Identificarea fagilor recombinanți prin hibridizare în plăci". Metodele din biologie moleculară (Clifton, N.J.), Biblioteca Națională de Medicină din S.U.A., disponibil aici

Datorită fotografiei:

1. "Hibridizarea Blot" de Kaksonen - http://wiki.biomine.skelleftea.se/biomine/molecular/index_22.htm (Public Domain) prin Wikimedia Wikimedia 
2. "M. smegmatis plaque "De Wazzzup7up - Activitate proprie (Domeniul Public) prin Wikimedia Commons