Diferența dintre RNA Seq și Microarray
Share
principala diferență între ARN Seq și microarray este că Sequencingul ARN (ARN Sequencing) permite analizarea variatelor variante de ARN și ARN, în timp ce microarray-ul permite analizarea transcriptomului cu ajutorul unor sonde ARN cunoscute. Mai mult, ARN-ul Seq este o tehnică bazată pe secvențiere, în timp ce microarray-ul se bazează pe hibridizare.
RNA Seq și microarray sunt două tehnici utilizate pentru a analiza transcriptome, care este ARNm total exprimat de un organism. Ele permit determinarea tipurilor de molecule de ARN formate la o etapă celulară definită.
Domenii cheie acoperite
1. Ce este RNA Seq
- Definiție, proces, semnificație
2. Ce este Microarray
- Definiție, proces, semnificație
3. Care sunt asemănările dintre RNA Seq și Microarray
- Schița caracteristicilor comune
4. Care este diferența dintre RNA Seq și Microarray
- Compararea diferențelor cheie
Termeni cheie
Analiza expresiei genetice, hibridizare, microarray, secvență de ARN, secvențiere
Ce este RNA Seq
ARN Seq (Secvențierea ARN) este o tehnică care determină secvența moleculelor de ARN într-o probă. RNA Seq implică secvențierea cu puț de mare viteză a moleculelor ADNc. ADNc este obținut din transcripția inversă a moleculelor de ARN. Următoarea generație de secvențe implică determinarea secvenței ADNc. Analiza ARN permite determinarea secvenței ARN și abundența relativă a acestora.
Figura 1: Procesul Seq ARN
RNA Seq este o tehnică extrem de sigură, cu o gamă largă de sensibilitate. Prin urmare, acesta poate detecta secvențe ARN rare și scăzute. Caracteristica unică a ARN-ului Seq este capacitatea sa de a identifica secvențele de ARN noi și variantele de îmbinare.
Ce este Microarray
Microarray este o tehnică pe scară largă utilizată pentru a analiza expresia genică a unui anumit organism. Utilizează sonde definite care sunt hibridizate cu moleculele de ARN din probă. Sondele monocatenare sunt atașate la o suprafață solidă cunoscută sub numele de chip pe care este hibridizat proba ARN marcată fluorescent. Datele de secvențiere a genomului pot fi folosite pentru a proiecta sonde.
Figura 2: Procesul microarray
Pentru un experiment rapid și ușor, microarray este cea mai bună tehnică în analiza expresiei genelor. Dar, sondele trebuie să fie proiectate astfel încât să detecteze și variantele de îmbinare.
Asemănări între ARN Seq și Microarray
- RNA Seq și microarray sunt două tehnici utilizate în analiza expresiei genei.
- Aceștia pot detecta tipurile de molecule de ARN prezente într-o probă la un moment dat.
- Ele depind de secvența de ARN.
- Ambele tehnici pot determina secvența primară și abundența relativă a ARN într-o probă.
- Reproductibilitatea ambelor tehnici este ridicată.
Diferența dintre RNA Seq și Microarray
Definiție
ARN-ul Seq se referă la o tehnică bazată pe secvențiere care detectează secvențele ARN într-o probă în timp ce microarray-ul se referă la o tehnică bazată pe hibridizare utilizată pentru a detecta prezența secvențelor ARN specifice într-o probă.
Bazat pe
RNA Seq este o tehnică bazată pe secvențiere, în timp ce microarray este o tehnică bazată pe hibridizare, realizată cu sonde existente.
Identificarea de noi secvențe
Sequeta ARN poate identifica noi secvențe de ARN prezente într-o probă, în timp ce microarray poate identifica numai secvențe cunoscute.
Sensibilitate
Sensibilitatea ARN-ului Seq este ridicată, în timp ce sensibilitatea microarray-ului este relativ scăzută.
Precizie
Precizia datelor RNA Seq este mare, în timp ce precizia datelor microarray este relativ scăzută.
Detectarea SNP
RNA Seq poate identifica SNP cu excepția SNP-urilor de novo pentru ARN-urile cu abundență redusă, în timp ce microarray-ul nu poate detecta SNP-uri.
Cost
RNA Seq este scump ($ 300- $ 1000 / eșantion) datorită analizei bioinformatice extinse cerute de metodă, în timp ce microarray-ul este mai puțin costisitor (100-200 $ / mostră).
Concluzie
RNA Seq este o tehnică bazată pe secvențiere utilizată pentru a determina secvențele de ARN prezente în transcriptom în timp ce microarray utilizează sonde specifice pentru a detecta prezența secvențelor particulare în transcriptom. Microarray nu poate detecta nici noi secvențe de ARN, precum și secvențe de ARN mai puțin abundente. Dar, în RNA Seq, toate secvențele de ARN din cadrul eșantionului pot fi identificate. Prin urmare, diferența principală dintre RNA Seq și microarray este tipul de detectare.
Referinţă:
1. Kukurba, Kimberly R. și Stephen B. Montgomery. "Sequencing and Analysis of RNA" Protocoalele Cold Spring Harbor 2015.11 (2015): 951-969. PMC. Web. 3 iulie 2018, disponibil aici
2. Govindarajan, Rajeshwar și colab. "Microarray și aplicațiile sale". Journal of Pharmacy & Bioallied Sciences 4.Suppl 2 (2012): S310-S312. PMC. Web. 3 iulie 2018, disponibil aici
Datorită fotografiei:
1. "Rezumat al ARN-Seq" de către Thomas Shafee - Muncă proprie (CC BY 4.0) prin Commons Wikimedia
2. "Rezumat microarray ARN" de Thomas Shafee - munca proprie (CC BY 4.0) prin Wikimedia Commons
