Cum se citește o hartă a plasmidelor

O hartă a plasmidelor reprezintă pozițiile relative ale elementelor din plasmidă. O hartă a plasmidelor poate fi citită prin înțelegerea caracteristicilor plasmidului. Acestea sunt numele și dimensiunea plasmidei, elementele plasmidei, pozițiile relative și orientarea promotorului. Originea replicării (ORI), gena rezistenței la antibiotice, site-ul de donare multiplă (MCS), inserția sau gena de interes, regiunea promotorului, markerul selectabil și situsul de legare a primerului sunt elementele unei plasmide. Pozițiile relative ale elementelor într-o plasmidă pot fi determinate prin maparea plasmidei. Procesul implicat în cartografierea plasmidelor se numește cartografiere de restricționare.

Domenii cheie acoperite

1. Ce este o hartă a plasmidelor
     - Definire, Restricționare
2. Cum se citește o hartă a plasmidelor
     - Caracteristicile unui Plasmid MapP

Termeni-cheie: elemente, nume și dimensiune a plasmidei, orientarea promotorului, harta plasmidelor, enzime de restricție, maparea restricțiilor

Ce este o hartă a plasmidelor

O hartă a plasmidelor reprezintă o reprezentare grafică a unei plasmide, care arată locațiile reperelor sau elementelor majore ale plasmidei. Pozițiile relative ale elementelor dintr - o plasmidă pot fi identificate prin maparea restricțiilor. O hartă de restricție este o hartă a siturilor de recunoaștere a restricției într-o anumită plasmidă. Prin urmare, este implicată în digestia plasmidei prin enzime de restricție. O hartă de restricție este afișată în figura 1.

Figura 1: Harta restricțiilor

Două metode pot fi utilizate în cartografiere de restricționare:

1. Restriction Digestion

- Restrângerea digestiei plasmidei cu una sau două enzime de restricție

- Maparea plasmidei pe baza dimensiunilor fragmentelor rezultate din plasmidă

2. Sequencing

- Sequencingul întregii plasmide

- Identificarea elementelor plasmidului

Cum se citește o hartă a plasmidelor

Figura 2: Harta plasmidelor

Citirea unei hărți a plasmidelor se concentrează în principal asupra caracteristicilor plasmidelor. Sunt;

1. Numele și dimensiunea plasmidului

• Numele și mărimea plasmidei sunt indicate în mijlocul plasmidei circulare.

2. Elementele unei plasmide -

• Originea replicării - secvența ADN implicată în inițierea replicării prin recrutarea mecanismului transcripțional bacterian.
• Gena rezistenței la antibiotice - permite selectarea bacteriilor care conțin plasmidă într-un mediu selectiv.
• Site de clonare multiplu - o secvență scurtă care constă din câteva situsuri de recunoaștere a restricției pentru introducerea unui fragment de ADN străin
• Inserați - gena de interes inserată în plasmidă
• Regiunea promotor - situs de legare pentru ARN polimeraza în timpul transcrierii
• Marcator selectabil - permite selectarea expresiei cu succes a genei inserate
• Primer site-ul de legare - servește ca situs de inițiere pentru amplificarea PCR a plasmidului pentru secvențiere

3. Pozițiile relative ale elementelor din plasmidă

• Pozițiile relative ale elementelor plasmidice sunt cartografiate prin mapare de restricție sau prin secvențiere.

4. Orientarea promotorului 

• Orientarea promotorului în plasmidă este importantă în determinarea orientării tuturor celorlalte elemente ale plasmidei, în special orientarea genei inserate. Transcrierea este inițiată la capătul 3 al promotorului. Prin urmare, gena ar trebui să fie orientată corect pentru a fi exprimată.

Concluzie

O hartă a plasmidelor poate fi citită prin înțelegerea caracteristicilor hărții plasmidice cum ar fi numele și dimensiunea plasmidei, tipul de elemente din plasmidă și pozițiile lor relative și orientarea promotorului.

Referinţă:

1. "Ce este o plasmidă?" Addgene, Disponibil aici.

Datorită fotografiei:

1. "Harta PDONR221" Prin secvență Nothingserious - Analiză: pDONR221. Addgene. Adus la 24 ianuarie 2016 (CC0) prin Wikimedia Commons
2. "Vectorul de clonare PGEX-3X" de Magnus Manske - Creat de Magnus Manske (CC BY-SA 3.0) prin Wikimedia Commons