Diferența dintre SYBR Green și Taqman

Diferența cheie - SYBR Green vs Taqman
 

SYBR Green și Taqman sunt două metode utilizate pentru detectarea sau monitorizarea procesului de amplificare a PCR în timp real. SYBR Green este o metodă bazată pe vopsea de colorare a acidului nucleic intercalat, în timp ce Taqman este o metodă bazată pe sonda de hidroliză. Ambele tehnologii sunt concepute pentru a genera fluorescență în timpul PCR, care permite mașinii PCR în timp real să monitorizeze reacția în "timp real". Metoda SYBR Green se efectuează folosind un colorant fluorescent denumit SYBR verde și detectează amplificarea prin legarea colorantului la ADN dublu catenar produs. Taqman se efectuează utilizând sonde dublu marcate și detectează amplificarea prin degradarea sondei prin polimerază Taq și eliberări ale fluoroforului. Aceasta este diferența cheie dintre SYBR Green și Taqman.

CUPRINS
1. Prezentare generală și diferență cheie
2. Ce este SYBR Green?
3. Ce este Taqman
4. Comparație comparativă - SYBR Green vs Taqman
5. rezumat

Ce este SYBR Green??

SYBR Green este un colorant fluorescent folosit pentru a colora acizii nucleici, în special ADN dublu catenar în Molecular Biology. Metoda SYBR Green este folosită pentru a cuantifica produsele PCR în timpul PCR în timp real. Odată ce se leagă de ADN, complexul ADN-colorant rezultat absoarbe lumina albastră și emite lumină verde intensă. Se întâmplă datorită modificării structurale care apare în molecula de colorant după legarea cu ADN dublu catenar. Cand PCR creeaza tot mai mult ADN, mai multe molecule de colorant se leaga de ADN, generand mai mult fluorescenta. Prin urmare, fluorescența crește odată cu acumularea de produse PCR. Prin urmare, cantitatea de produs PCR poate fi măsurată cantitativ prin detecția fluorescenței Green SYBR.

Colorantul SYBR verde poate fi de asemenea utilizat pentru etichetarea ADN-ului în citometrie și microscopie fluorescentă. Bromura de etidiu a fost înlocuită cu succes de SYBR Green, deoarece bromura de etidiu este un colorant carcinogen cu probleme de eliminare în timpul vizualizării ADN în electroforeza pe gel.

Există avantaje și dezavantaje ale metodei green SYBR. Această metodă este foarte sensibilă, ieftină și ușor de utilizat. Cu toate acestea, datorită capacității sale de a se lega de orice ADN dublu catenar, legarea nespecifică poate duce la o cuantificare mai mare a produsului PCR.

Figura 01: Tehnica verde SYBR

Ce este Taqman?

Taqman este o metodă alternativă pentru SYBR Green pentru a monitoriza procesul PCR în timp real. Această metodă depinde de activitatea exonucleazei 5 '- 3' a enzimei Taq polimerază pentru a degrada probele în timpul extinderii noului fir și a eliberării fluoroforului. Sondele cu marcă dublă sunt utilizate în această metodă și se bazează pe hidroliza probelor. Probele sunt oligonucleotide ADN marcate fluorescent având o moleculă de reporter fluorescent (fluorofor) la capătul 5 'și o moleculă de stopare la capătul 3'. Acestea sunt proiectate să se lege de șablonul cu un singur fir pe partea opusă a annezelor de grunduri. Taq polimeraza adaugă nucleotide la primer și extinde noua catenă spre sondele marcate cu dublă. Odată ce Taq polimeraza întâlnește sonda, acțiunea exonucleazică a polimerazei Taq activează și degradează sonda. Odată ce finalizează sinteza noii fire, sonda este supusă la degradare completă și eliberează fluoroforul. Eliberarea fluoroforului generează fluorescență. Molecula fluorescentă Quencher alterne eficient luminile emise și creează ieșirea pentru cuantificarea produsului PCR. Eliberarea fluoroforilor și cantitatea de produse PCR sunt proporționale. Prin urmare, cuantificarea poate fi efectuată cu ușurință prin metoda Taqman.

Figura 02: Metoda Taqman

Metoda Taqman este folosită în PCR în timp real, cuantificarea expresiei genelor, detectarea polimorfismelor genetice, cuantificarea ștergerilor ADN cromozomiale, identificarea bacteriilor, verificarea analizei microarray, genotiparea SNP etc..

Care este diferența dintre SYBR verde și Taqman?

SYBR Green vs Taqman
SYBR Green se bazează pe colorant de legare a ADN-ului.	Taqman depinde de sondele de hibridizare și activitatea 5 'la 3' a exonucleazei de Taq polimerază.
Sondă marcată fluorescent
Nu sunt necesare sonde marcate fluorescente.	Sunt necesare sonde etichetate dublu.
Analiza genei multiplex
Nu poate fi folosit pentru ținte genetice multiplex.	Acesta poate fi utilizat pentru ținte genetice multiplex.
Cost
Acest lucru este mai puțin costisitor.	Acest lucru este mai scump.
Specificitate
Acest lucru este mai puțin specific și se leagă cu orice ADN dublu catenar	Acestea sunt foarte specifice, deoarece sondele detectează produsele specifice de amplificare.
Eficacitate
Acest lucru este mai puțin eficient.	Acest lucru este foarte eficient.
cerere
Acest lucru este folosit în PCR în timp real, vizualizare pe gel de agaroză, etichetare ADN etc..	Acest lucru este utilizat în PCR în timp real, cuantificarea expresiei genelor, detectarea polimorfismelor genetice etc..

Rezumat - SYBR Green și Taqman

Taqman și SYBR verde sunt două metode folosite în PCR în timp real (PCR cantitativ). Ambele metode permit cuantificarea eficientă a produsului PCR și se bazează pe emisia fluorescenței. Metoda Taqman utilizează sonde marcate cu dublă pentru detectarea ADN-ului acumulat, în timp ce metoda SYBR Green utilizează un colorant fluorescent. Ambele metode au, de asemenea, aplicații diferite în biologia moleculară.

Referinţă:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour și Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Compararea metodelor SYBR Green și TaqMan în analiza cantitativă în timp real a polimerazei în reacția în lanț a patru subtipuri de receptori ai adenozinei." Advanced Biomedical Research. Publicații Medknow & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 martie 2017.
2. "Principii de bază PCR în timp real". PCR în timp real, cantitative (qPCR), primers & mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13 martie 2017.
3. "SYBR Green și alte coloranți PCR în timp real." Biocompare. N.p., 05 aprilie 2010. Web. 14 martie 2017

Datorită fotografiei:
1. "PCR cu SYBR verde" De -Ygonaar 23:09, 7 martie 2006 (UTC) - Este un grafic creat de Ygonaar cu Power Point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. "Taqman" Utilizator: Braindamaged - Activitate proprie (Public Domain) prin Commons Wikimedia