Diferența dintre secvența de exom și ARN

Diferența cheie - Exome vs. secvența ARN
 

Secvențierea acidului nucleic este tehnica care determină ordinea nucleotidelor într-un anumit fragment de ADN sau ARN al unui organism. Sequencingul este important în identificarea ADN-ului și a structurii ARN a celulei și distingerea anumitor gene care codifică proteinele funcționale; astfel, secvențierea poate fi utilizată pentru a înțelege mutațiile acestor gene și expresii genice. Metoda de secvențiere Sanger sau metodele de secvențiere de generație următoare mai avansate sunt metodele de secvențiere utilizate în mod obișnuit. Secvențierea secvenței este secvențializarea setului complet de exoni sau a regiunilor ADN care codifică prezente într-un organism, în timp ce secvențializarea ARN este procedura de secvențiere a acizilor ribonucleici (ARN). Aceasta este diferența cheie între secvențializarea exomului și ARN.

CUPRINS

1. Prezentare generală și diferență cheie
2. Ce este Sequencing-ul Exome
3. Ce este secvențierea ARN-ului
4. Asemănări între secvența de exom și ARN
5. Comparație de la o parte la alta - Exome în funcție de secvențierea ARN în formă tabulară
6. rezumat

Ce este Sequencing-ul Exome?

Exome este o submulțime a genomului care constă din genele de codificare ale unui anumit organism. Genele de codificare sunt numite exoni și sunt transcrise în ARNm și apoi traduse în secvențe de aminoacizi. În timpul modificărilor post-transcripționale, mecanismul de îmbinare a ARN-ului în eucariote elimină intronii (regiunile care nu codifică) și exonii rămân. Există două tehnici principale în care se realizează secvențarea exomei: baza bazată pe soluții și matrice.

În secvențierea exomei bazată pe soluție, probele de ADN sunt fragmentate utilizând fie enzime de restricție, fie prin metoda mecanică și denaturate prin căldură. În această tehnică, sondele oligonucleotidice biotinilate (momeli) sunt folosite pentru a hibridiza selectiv cu regiunile țintă din genom. Piesele de streptavidină magnetice sunt utilizate pentru etapa de legare. Legarea este urmată de o etapă de spălare în care secvențele nelegate și ne-țintite sunt spălate. Țintele legate sunt apoi amplificate utilizând reacția lanțului de polimerază (PCR) și apoi sunt secvențiate utilizând tehnici de secvențiere Sanger sau tehnici de secvențiere de generație următoare.

Figura 01: Secvențierea exome

Metoda bazată pe metode este, de asemenea, similară metodei bazate pe soluție, cu excepția faptului că fragmentele ADN sunt capturate într-o micro-matrice și apoi etapele de legare și de spălare urmează înainte de a fi secvențializate.

Secvențierea secvenței este utilizată în multe aplicații, cum ar fi diagnosticul genetic al bolilor, în terapia genică, identificarea markerilor genetici noi, în agricultură pentru a identifica diferitele trăsături agronomice benefice și procedurile de reproducere a plantelor.

Ce este secvențierea ARN-ului?

Analiza ARN se bazează pe transcriptom, care este transcriptele complete ale celulei. Obiectivele cheie ale secvențierii ARN-ului sunt de a cataloga toate speciile transcripției, incluzând ARNm, ARN necodificat și ARN mic, pentru a determina structura transcripțională a genelor și pentru a cuantifica nivelurile de expresie ale fiecărui transcript în timpul dezvoltării. În timpul secvențierii ARN, tehnologiile de hibridizare (care au fost ADN complementar derivate din secvențele de ARNm mature) au fost inițial utilizate pentru secvențiere. În prezent, pentru secvențierea ARN se utilizează o tehnică mai precisă și mai avansată prin tehnică de transfer.

Figura 02: Sequencing ARN

În secvențierea ARN, o probă de ARN care poate fi ARN total sau ARN fracționat este transformată în ADN complementar (ADNc) utilizând transcripția inversă și este pregătită o bibliotecă cADN. Fiecare fragment ADNc este atașat la adaptori pe ambele părți (secvențierea finală a perechilor) sau pe o parte (secvențierea unui singur capăt). Aceste secvențe marcate sunt secvențiate utilizând secvențierea Sanger sau generația următoare, cum ar fi secvențierea exomei.

Care sunt asemănările dintre secvența Exome și ARN?

• Fragmente selectate scurt sau întregul set de ADN / ARN pot fi utilizate pentru secvențierea Exome sau ARN.
• Fragmentele secvențiale sunt păstrate în biblioteci.
• Se poate folosi secvențierea Sanger sau secvențierea de generație următoare.
• Ambele sunt metode de secvențiere in vitro.
• Fragmentele secvențiate pot fi determinate prin etichete fluorescente.

Care este diferența dintre secvența de exom și ARN?

Exome vs RNA Sequencing
Secvențierea secvenței este secvențializarea întregului set de exoni sau regiunile ADN care codifică prezente într-un organism.	Analiza ARN se referă la procedura de secvențiere a acizilor ribonucleici (ARN); transcriptomul.
Demararea eșantionului
ADN-ul genomic este proba de început a secvențierii exomului.	ARN este proba initiala a secventierii ARN.
Compoziţie
Aceasta conține numai regiuni de codificare a ADN-ului total numit Exons	Aceasta conține ARNm-ARN / transcriptom.
secvenţierea
Există două metode principale de secvențiere a exomei; soluții bazate pe tehnologii și tehnologii bazate pe matrice.	Analiza ARN se face prin prepararea unei biblioteci cADN prin extragerea ARN-ului total sau a ARN-ului fragmentat.

Rezumat - Exome vs RNA Sequencing

Exome este setul complet de regiuni de codificare ale unui organism și tehnicile implicate în determinarea ordinii exacte de nucleotide a Exomei sunt cunoscute sub denumirea de secvențiere exome. Analiza ARN este tehnica implicată în determinarea ordinii nucleotidice a ARN-ului unui organism. Aceasta este diferența dintre secvențializarea exomului și ARN.

Descărcați versiunea PDF a Exome vs. RNA Sequencing

Puteți descărca versiunea PDF a acestui articol și o puteți utiliza în scopuri offline conform notei de citare. Descărcați PDF versiunea aici Diferența dintre Exome și RNA Sequencing

Referințe:

1. Wang, Zhong și colab. "RNA-Seq: un instrument revoluționar pentru transcripție". Genetica, Biblioteca Națională de Medicină din S.U.A., ianuarie 2009, Disponibil aici. Accesat la 3 septembrie 2017.
2.Warr, Amanda și colab. "Secvenție Exome: Perspective curente și viitoare" G3: Genele | Genome | Genetica, Societatea Genetică din America, Aug. 2015, Disponibil aici. Accesat la 3 septembrie 2017.

Datorită fotografiei:

1. "Executarea fluxului de lucru 1a"De Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith -  (CC de 2,5) prin intermediul Commons Wikimedia
2. "Journal.pcbi.1004393.g002" de SarahKusala - Lucrare proprie (CC BY 3.0) prin intermediul Commons Wikimedia