Diferența dintre Exome și Transcriptome

 principala diferență între exom și transcriptom este faptul că exomul este secvența completă a tuturor exonilor din genele care codifică proteinele din genom, în timp ce transcriptomul este colecția de molecule de ARN mesager derivate din genele care codifică proteinele. Mai mult, exomul acoperă 1-2% din secvența genomului total, în timp ce transcriptomul reprezintă mai puțin de 4% din ARN-ul total al celulei. 

Exomul și transcriptomul sunt două colecții de secvențe în genele care codifică proteinele din genom. Ambele au diverse aplicații în studiile genomice, precum și în diagnosticul bolii. 

Domenii cheie acoperite 

1. Ce este Exome
     - Definiție, fapte, tehnici
2. Ce este Transcriptome
     - Definiție, fapte, tehnici
3. Care sunt asemănările dintre Exome și Transcriptome
     - Schița caracteristicilor comune
4. Care este diferența dintre Exome și Transcriptome
     - Compararea diferențelor cheie

Termeni cheie

Exon, Exome, mRNA, gene de codificare a proteinelor, transcriptom

Ce este Exome 

Exomul este colecția de exoni din genele care codifică proteinele genomului unui anumit organism. Secvența de codificare a genomului este grupată în gene, care pot fi fie codificate pentru proteine, fie pentru ARN. În genomul procariotic, secvența de codificare nu este întreruptă de alte secvențe în timp ce în genomul eucariot, secvența de codificare a genei este întreruptă de secvențe necodificate numite introni. Prin urmare, secvențele de codificare grupate sunt numite exoni.

Figura 1: Exonii și intronii

În genele care codifică proteine, ARN polimeraza transcrie introni precum și exoni în mARN precursor în timpul transcrierii. Intronii încorporați sunt îndepărtați în timpul următoarelor modificări post-transcripționale. Principala tehnologie utilizată în studiul exomului este secvențarea întregului exom (WES). WES este implicat în hibridizarea ADN-ului fragmentat al unui genom particular pentru a identifica secvențele ADN țintă urmate de secvențierea. 

Ce este Transcriptome 

Transcriptomul este setul total de mRNA exprimate într-o celulă. Acesta reprezintă mai puțin de 4% din ARN-ul total al celulei. Deoarece transcriptomul specifică compoziția proteomului, determină capacitatea biochimică a respectivei celule. De asemenea, transcriptomul unei celule particulare nu poate fi sintetizat și întotdeauna vine la celula fiică din celula părinte în timpul diviziunii celulare. Astfel, transcripția, care este procesul de producere a ARN este etapa pentru menținerea transcriptomului.

Figura 2: Transcriptomul celulei pluripotent

Pe de altă parte, deși fiecare celulă conține informații pentru producerea întregului transcriptom al speciei, genele exprimate în celulă depind de factorii de mediu, de asemenea. Cele două tehnologii principale utilizate în studiul transcriptomilor sunt microarray și ARN-seq. 

Asemănări între Exome și Transcriptome 

• Exome și transcriptom sunt două seturi de secvențe nucleotidice găsite în genom. 
• Ambele sunt asociate cu informațiile din genele care codifică proteinele. 
• Ele sunt alcătuite din exoni. 

Diferența dintre Exome și Transcriptome 

Definiție 

Exome se referă la partea genomului constând din exoni, care codifică informațiile pentru sinteza proteinelor, în timp ce transcriptomul se referă la suma totală a tuturor moleculelor ARN mesager exprimate în genele unui organism. Principala diferență dintre exomă și transcriptom este astfel explicabilă din această definiție.

Semnificaţie 

Prin urmare, exomul este setul total de exoni din genele care codifică proteine, în timp ce transcriptomul este setul total de mARN-uri exprimate în celulă. 

ADN sau ARN 

De asemenea, exomul este alcătuit din ADN, în timp ce transcriptomul este alcătuit din ARN. 

Cantitate 

Exome reprezintă 1-2% din genomul total, în timp ce transcriptomul reprezintă mai puțin de 4% din ARN-ul total al celulei.

Nivel 

O altă diferență între exom și transcriptom este că exomul este la nivelul genomului în timp ce transcriptomul se află la nivelul de transcripție. 

Tehnici 

Mai mult, secventierea intregului exom este tehnica pentru a determina exomul in timp ce microarray si ARN-seq determina transcriptomul. 

Concluzie 

Exomul este întregul set de exoni din genomul determinat de WES al genomului. Prin urmare, exomul este un concept bazat pe ADN. Dar, transcriptomul este un concept bazat pe ARN, deoarece este întregul set de mRNAs ale celulei. Principala diferență dintre exom și transcriptom este conceptul lor. 

Referinţă:

1. Warr, Amanda și colab. "Sequencing Exome: Perspective curente și viitoare" G3: Genele | Genome | Genetics 5.8 (2015): 1543-1550. PMC. Web. 6 septembrie 2018. Disponibil aici
2. Brown TA. Genomilor. A doua ediție. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Capitolul 3, Transcriptomi și Proteomi. Disponibil aici

Datorită fotografiei:

1. "Introni exonici ai ADN-ului" de către Institutul Național de Cercetare a Genomului uman - (Domeniul Public) prin Wikimedia  
2. "Transcriptomul celulelor pluripotent" Prin Grskovic, M. și Ramalho-Santos, M., Transcriptomul pluripotent (10 octombrie 2008), StemBook, ed. Comunitatea de cercetare a celulelor stem, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Figura 2 Transcriptomul celulelor pluripotentă. Grskovic, M. și Ramalho-Santos, M., Transcriptomul pluripotent (10 octombrie 2008), StemBook, ed. Comunitatea de cercetare a celulelor stem, StemBook, doi / 10.3824 / stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) prin intermediul Wikimedia Commons