Diferența dintre primerii PCR și grundurile de secvențiere
Share
Diferența cheie - PCR primatorii vs secvenţierea Primerii
Odată cu evoluțiile recente din domeniul biologiei moleculare, s-au dezvoltat diferite tehnici genetice care au făcut ca procesele de investigare a diferitelor căi ale subiectului să fie ușor și precise. PCR și alte proceduri de secvențiere sunt două astfel de tehnici importante. Ei folosesc subcomponente diferite. Primerii sunt considerați ca subcomponenta majoră comună atât pentru tehnicile PCR, cât și pentru tehnicile de secvențiere. Primerii PCR sunt utilizați pentru amplificarea unei secvențe ADN particulare în timp ce sechivalenți sunt utilizați în contextul secvențierii unui fragment ADN cu intenția de a dezvălui ordinea specifică a secvenței nucleotidice. Acesta este diferența cheie între primeri PCR și primeri de secvențiere.
CUPRINS
1. Prezentare generală și diferență cheie
2. Ce sunt Primerii PCR
3. Ce sunt Grundurile de Sequencing
4. Asemănări între primerii PCR și grundurile de secvențiere
5. Comparație de la o parte la alta - Primerii PCR față de primerii de secvențiere în formă tabulară
6. rezumat
Ce sunt Primerii PCR?
Reacția lanțului de polimerază (PCR) este o tehnică genetică care este utilizată în domeniul biologiei moleculare pentru a amplifica o singură sau câteva copii ale unui segment ADN special și pentru a obține multe milioane de exemplare identice. Într-o reacție PCR, se folosesc diferiți componenți, inclusiv primeri. Primerii sunt catene scurte de ADN cu o lungime de nucleotide de 18-25, făcându-le compatibile cu regiunea de început și cea finală a fragmentelor de ADN care trebuie amplificate. Grundurile pot fi un grund frontal și grundul invers. Acești primeri se leagă la fragmentul ADN la punctele specifice în care face ca ADN polimeraza să se lege de primerul specific în locația respectivă și să inițieze sinteza noii linii ADN.
Selectarea primerilor este un aspect important al procesului PCR. Selectarea lungimii primerului este importantă. Lungimea ideală ar fi de 18-25 nucleotide. Dacă lungimea este prea scurtă sau prea lungă, primerii nu se vor lega de secvența ADN care trebuie amplificată cu exactitate. Primerii care au o lungime prea scurtă conduc la annelarea nespecifică a primerului în locații diferite ale secvenței ADN.
Figura 01: Primerii PCR
Conținutul de guanină și citozină (GC) într-un primer bun ar trebui să se situeze în intervalul 40-60. Temperatura de recoacere a primerului și temperatura de topire sunt factori vitali în timpul PCR. Temperatura de topire trebuie calculată cu precizie, iar temperatura de recoacere a primerului trebuie să fie 5 0C mai mică decât temperatura de topire. Temperatura de topire trebuie să fie de 60 ° C și 75 ° C. Temperaturile prea ridicate sau prea scăzute vor avea ca rezultat o activitate a ADN polimerazei mai puțin activă.
Ce sunt Grundurile de Sequencing?
Analizoarele secvențiale sunt utilizate în contextul secvențierii unui fragment ADN cu intenția de a-și dezvălui identitatea specifică. Pentru a obține rezultate bune de secvențiere, sunt foarte importante grăsimi și șabloane de înaltă calitate. Astfel, atunci când primerele sunt selectate, acestea ar trebui să fie unice pentru o anumită regiune în care dorim să ne asociem. De asemenea, ar trebui să aibă o orientare corectă în care secvențele sunt generate de obicei de la capetele 3 'la 5' ale primerilor. Secvența ar trebui să fie lipsită de auto-hibridizare nedorită, cum ar fi formarea de bucle de ac de păr. Nu trebuie să conțină formarea consecutivă a bazelor de guanină.
Temperatura de topire (Tm) a primerului trebuie să fie adecvată pentru condițiile de secvențiere. Prin urmare, ar trebui să se situeze între 52oC și 74oC. Prepararea oligonucleotidelor care urmează să fie utilizate ca un primer trebuie purificată pentru a obține lungimea dorită a secvenței. Dacă oligonucleotidele conțin impurități, semnalizarea secvenței de primer va fi suprapusă de la diferite situsuri de primare și va scădea, de asemenea, numărul de celule de bază.
Figura 02: Grunduri de secvențiere
Temperatura de topire a primerului (Tm) a unei oligonucleotide determină cât de puternice sunt lanțurile ADN complementare care sunt hibride între ele. Tm poate fi considerat un calcul termodinamic în cazul în care este dependent de ambele secvențe ADN și de mai multe condiții cum ar fi concentrația de sare. Tm este important în timpul PCR, unde o variantă denumită secvențierea ciclului este utilizată pentru a produce un grup de fragmente terminate cu dideoxinucleotide. Aici, primerul care este secvențiat va fi inițial recuperat alternativ, apoi extins și ulterior denaturat pentru amplificare. Prin urmare, valoarea Tm ar trebui să fie între 52oC și 74o C. Oligonucleotidele sintetizate pot fi obținute din laboratoarele de sinteză a ADN / ARN conform alegerii. Scala mică de sinteză care este utilizată pentru secvențierea ADN este de obicei 50 nmol. De asemenea, cel mai important, primerii utilizați pentru secvențiere trebuie purificați să nu conțină impurități care să împiedice reducerea calității.
Care sunt asemănările dintre primerii PCR și primerii de secvențiere?
- Ambii primeri PCR și primeri de secvențiere sunt primeri care sunt utilizați în procesul de amplificare a unei secvențe de ADN țintă.
- Ambii primeri PCR și primeri de secvențiere sunt compuși din nucleotide.
- Ambii primeri PCR și primerii de secvențiere sunt oligomeri scurți.
Care este diferența dintre primerii PCR și grundurile de secvențiere?
Primeri PCR față de primeri de secvențiere | |
| Primerii PCR sunt catene scurte de ADN cu o lungime de secvență de nucleotide de 18-25, făcându-le compatibile cu începutul și regiunea finală a fragmentelor ADN care trebuie amplificate. | Analizoarele secvențiale sunt oligomeri scurți care sunt utilizați în contextul secvențierii unui fragment ADN cu intenția de a-și dezvălui identitatea specifică. |
| Funcţie | |
| Primerii PCR sunt utilizați pentru amplificarea unei secvențe ADN particulare. | Analizoarele secvențiale sunt utilizate în contextul secvențierii unui fragment ADN cu intenția de a-și dezvălui identitatea specifică. |
| Număr de primeri Necesar | |
| Doi primeri; un primer prim și un primer invers sunt utilizate ca primeri PCR. | Aveți nevoie doar de un primer ca primer de secvențiere. |
rezumat - Primerii PCR vs secvenţierea Primerii
Analizoarele secvențiale sunt utilizate în contextul secvențierii unui fragment ADN cu intenția de a-și dezvălui identitatea specifică. Un primer de secventiere va fi suficient pentru a rula procesul. Pentru a obține rezultate bune de secvențiere, este important să se utilizeze grunduri și șabloane de înaltă calitate. Astfel, atunci când primerele sunt selectate, acestea ar trebui să fie unice pentru o anumită regiune în care dorim să ne asociem. Primerii PCR sunt catene scurte de ADN cu o lungime de 18-25 nucleotide care este compatibilă cu regiunea de început și cea finală a fragmentelor de ADN care trebuie amplificate. Primerii PCR pot fi un primer prim și un primer invers. Conținutul de guanină și citozină (GC) într-un primer bun ar trebui să se situeze în intervalul 40-60. Temperatura de recoacere a primerului și temperatura de topire sunt aspecte vitale în timpul PCR. Aceasta este diferența dintre primerii PCR și primeri de secvențiere.
Referinţă:
1. "Reacția în lanț a polimerazei (PCR)". Academia Khan. Disponibil aici
2. "Grunduri de secvențiere și design de grunduri" Servicii nucleare de bază ale ADN | Universitatea din Calgary. Disponibil aici
Datorită fotografiei:
1.Primers RevComp'By Zephyris - Muncă proprie, (CC BY-SA 3.0) prin intermediul Commons Wikimedia
2. "Metode de etichetare a ADN-ului Sequencin 3" By Abizar (încărcător original) la Wikipedia - Transferat de Gustavocarra., (Public Domain) prin Commons Wikimedia
