Diferența dintre probă și grund

Diferența principală - Proba vs Primer

PCR este o tehnică utilizată în biotehnologie pentru a amplifica fragmente ADN specifice în diverse scopuri. Proba și primerul sunt două tipuri de oligonucleotide monocatenare utilizate în diferite tipuri de PCR. Sondele sunt utilizate în principal în qPCR, în timp ce primii sintetici sunt utilizați în fiecare tip de PCR. principala diferență între sonda și primer este acea probă sondă este utilizată pentru a detecta prezența unui fragment ADN specific în amestec prin hibridizarea cu un ADN dublu catenar, în timp ce primerul este utilizat pentru inițierea reacției în lanț a polimerazei prin hibridizare cu ADN monocatenar. În general, primeri sunt utilizați în inițierea replicării ADN în interiorul celulei. Sondele sunt utilizate și în reacțiile de hibridizare.

Domenii cheie acoperite

1. Ce este un proba
     - Definiție, design, importanță
2. Ce este un Primer
     - Definiție, design, importanță
3. Care sunt asemănările dintre probă și grund
    - Schița caracteristicilor comune
4. Care este diferența dintre probă și grund
   - Compararea diferențelor cheie

Termeni cheie: hibridizare, oligonucleotide, PCR, primer, probă, QPCR

Ce este un proba

Proba este un fragment de ADN sau ARN utilizat pentru a detecta prezența unui fragment ADN specific într-o probă. Prin urmare, sondele pot fi utilizate pentru două tipuri de tehnici, în qPCR și în reacțiile de hibridizare. Patru fapte trebuie luate în considerare la proiectarea unei sonde.

1. Locație - Sondele trebuie să se hibridizeze cu firul ADN într-o apropiere apropiată de grundul invers sau înainte. Dar, nu ar trebui să se suprapună cu site-urile de legare a primerului. În general, probele hibridizează cu oricare dintre catenele duplexului ADN.
2. Temperatura de topire (Tm) - Temperatura de topire a sondei trebuie să fie cu 6-8 ° C mai mare decât cea a primerilor.
3. Temperatura de recoacere (Ta) - Temperatura de recoacere a experimentului trebuie să fie cu 5 ° C sub temperatura de topire a primerilor.
4. Conținutul GC - Conținutul de GC al sondei ar trebui să fie de 35-65%. Capătul 5 'al sondei nu trebuie să conțină un G.

În qPCR, probele sunt marcate cu coloranți fluorescenți sau cu elemente radioactive. Aceste sonde sunt hibridizate cu secvența țintă în duplex-ul ADN. Diferite tipuri de sonde etichetate, fie cu elemente radioactive, fie cu fluorescență, sunt utilizate și în diferite tipuri de reacții de hibridizare. Hibridizarea probelor PNA la secvențele țintă este prezentată în figura 1. Sondele PNA sunt folosite pentru a determina lungimea telomerilor.

Figura 1: Hibridizarea probelor PNA

În timpul hibridării, probele se leagă la ADN-ul monocatenar într-un mod complementar. 

Ce este un Primer

Primerul se referă la o catenă scurtă de ADN sau ARN care servește drept punct de plecare al sintezei ADN. Anticorpii ARN sunt utilizați în interiorul celulei pentru inițierea replicării ADN-ului cu ajutorul ADN polimerazei. Primerii ADN sintetici sunt folosiți în majoritatea cazurilor în PCR pentru amplificarea fragmentului ADN dorit. Secvența țintă este flancată de doi primeri cunoscuți ca prim primer și primer prim. Specificitate și complementaritatea sunt factorii principali în proiectarea primerilor. Structurile secundare ar trebui de asemenea evitate. Alți factori care ar trebui luați în considerare la proiectarea primerilor sunt descriși mai jos.

1. Temperatura de topire (Tm) - Temperatura optimă de topire a grundului înainte și înapoi trebuie să fie de 60-64 ° C.
2. Temperatura de răcire - Temperatura de recoacere a experimentului trebuie să fie cu 5 ° C sub temperatura de topire a fiecărui primer.
3. Conținutul GC - Conținutul de GC al primerilor trebuie să fie de 35-65%.

Reacția primerului și a inversorului față de cele două fire ale ADN-ului țintă este prezentată în figura 2.

Figura 2: Repararea grunduirii

În secvențierea ADN, primeri sunt utilizați în amplificarea fragmentului țintă. Primerii pot fi etichetați fie cu elemente radioactive, fie cu fluorescență pentru diferite scopuri de detectare. 

Asemănări între Probe și Primer

• Sonda și primerul sunt două tipuri de oligonucleotide monocatenare utilizate în diferite tehnici PCR pentru hibridizarea cu ADN complementar.
• Ambele probe și primer sunt specifice unui fragment ADN special.
• Atât proba cât și primerul pot fi fie ADN / ARN.
• Atât sondele cât și primerul au temperaturi specifice pentru a se reconecta cu secvența țintă.
• Atât sonda, cât și primerul pot fi încurcate cu un fluorofor pentru detectare.

Diferența dintre probă și grund

Definiție

Sondă: Proba este un fragment de ADN sau ARN utilizat pentru a detecta prezența unui fragment ADN specific într-o probă.

Grund: Primerul este o catenă scurtă de ADN sau ARN care servește ca punct de plecare pentru sinteza ADN-ului.

Rol

Sondă: Probele sunt utilizate pentru a detecta un fragment specific ADN în qPCR.

Grund: Primerii sunt utilizați pentru inițierea replicării ADN-ului. Este, de asemenea, utilizat la inițierea PCR.

Lungime

Sondă: Lungimea unei sonde poate varia de la 25 la 1000 perechi de baze.

Grund: Lungimea unui primer poate varia de la 18-22 de perechi de baze.

Hibridizare

Sondă: Probele sunt hibridizate cu ADN dublu catenar.

Grund: Primerii sunt hibridizați cu ADN monocatenar.

etichetarea

Sondă: Probele sunt în general etichetate cu un fluorofor pentru detectare.

Grund: Grundurile pot fi etichetate pe baza scopului.

Concluzie

Proba și primerul sunt două tipuri de oligonucleotide monocatenare utilizate în diferite tipuri de PCR. Probele sunt utilizate pentru detectarea fragmentelor ADN specifice în qPCR. Primerii sunt utilizați pentru inițierea replicării ADN în interiorul celulei și sunt de asemenea utilizați în inițierea PCR. Prin urmare, principala diferență între sonda și primer este scopul lor.

Referinţă:

1. Proiectarea primerilor PCR și a probelor, Tehnologii ADN integrate, disponibile aici.

Datorită fotografiei:

1. "flux de lucru Q-FISH" De Jclam la Wikipedia în engleză (CC BY 3.0) prin Wikimedia Commons
2. "Primerii de întindere a lui RevComp" De Richard Wheeler (Zephyris) - Muncă proprie (CC BY-SA 3.0) prin Wikimedia Commons